استفاده از مواد آلی به عنوان تنها منبع عناصر غذايی گياه در مقياسهای بزرگ مشکلات زيادی به همراه دارد. اولين مسئله کمی، متغير بودن و معمولاً غير متعادل بودن عناصر غذايی می باشد.
استفاده از مواد آلی به عنوان تنها منبع عناصر غذايی گياه در مقياسهای بزرگ مشکلات زيادی به همراه دارد. اولين مسئله کمی، متغير بودن و معمولاً غير متعادل بودن عناصر غذايی می باشد. همچنين مشکل است که با مقادير زياد ماده آلی بتوان تعادل واقعی عناصر غذايی را برای تأمين نيازهای گياهان ايجاد نمود. مصرف کودهای حيوانی دارای مشکلات خاصی است که نيازهای مديريتی تغذيه گياه و کار در مزرعه را افزايش می دهند. مقادير زياد کودهای آلی را معمولاً قبل از کاشت و يا برداشت محصول فقط در طول چند هفته يا چند ماه در سال می توان مصرف نمود. همچنين کشاورزان زيادی در کشورهای پيشرفته با مشکلاتی در رابطه با مصرف مقادير زياد کودهای آلی و بذرکاری و ديگر عمليات مديريتی در توليد محصول برخورد نموده اند. مصرف مقادير زياد کودهای حيوانی می تواند به مشکلات زيست محيطی مخصوصاً ورود نيترات و فسفات به آبهای زيرزمينی منجر شود. اسپالدينگ و اکسنر (1993) بعد از آزمون دقيق داده های مربوط به نيترات آب زيرزمينی چندين ناحيه در ايالات متحده، نتيجه گرفتند که بيشترين ميزان آلودگی در آب زيرزمينی ايوا، نبراسکا و کانزاس اتفاق افتاده و نيتروژن نيتراتی در 20 درصد يا بيشتر نمونه های جمع آوری شده متجاوز از10 1-mgLبوده است. در نيويورک تراکم زياد مخازن فاضلاب همراه با مصرف کودهای شيميايی و حيوانی در اراضی کشاورزی احتمالاً در افزايش غلظت نيتروژن نيتراتی آبهای زيرزمينی دخالت دارند. عمليات لبنيات سازی و مشکلات مرتبط با مصرف کودهای آلی احتمالاً منبع اصلی نيترات در آب چاههای واقع در جنوب شرقی پنسيلوانيا و مريلند شمالی می باشد. غلظت های زياد نيترات در دلاوار و بخش هايی از شمال کاليفرنيا می تواند از تراکم زياد حيوانات اهلی و طيور و مخازن فاضلاب حاصل شود. داده های مربوط به آبشويی نيترات از خاک بدون پوشش يک ايستگاه تحقيقات روتامستد انگليس که در آنها کوددهی آلی و غيرآلی انجام شده است. بسياری از کشورهای اروپای غربی غلظت های زياد فسفر محلول را در آبهای سطحی و زيرزمينی به علت مصرف مداوم مقادير زياد کودهای حيوانی مشاهده کرده اند. اطلاعات موجود در کشورهای ديگر نيز نشان می دهد که سيستم های کشاورزی عمدتاً به مصرف زياد کودهای حيوانی يا آلی وابسته هستند که می توانند از لحاظ مديريتی مشکل ساز باشند. فقط تعداد معدودی از کشاورزان مهارتهای مديريتی جهت ايجاد يک سيستم کاری کاملاً مناسب را دارا هستند. همچنين مقدار کودهای قابل دسترس و قابل انتقال تا يک فاصله مناسب معمولاً برای جبران تمامی نيازهای اراضی تحت کشت کافی نمی باشد. در اقليم های سردتر تجزيه کودهای حيوانی ممکن است خيلی کند باشد و مشکلات زيست محيطی را بوجود آورد. در اقليم های گرمتر و مرطوب معمولاً تجزيه خيلی سريع بوده و باعث افزايش مقدار ماده آلی خاک و بهبود وضعيت ذخيره عناصر غذايی می شود. استفاده از کودهای شيميايی همراه با کودهای آلی احتمالاً بهترين روش برای حفظ سطح توليد غذا برابر يا حتی بيشتر از افزايش جمعيت می بّاشد. به عنوان مثال در تحقيقی در پرو اثرات بقايای آلی همراه با کرمهای خاکی و بدون کرمهای خاکی در عملکرد ذرت بررسی شد. توليد محصول بر اساس استانداردهای محلی در سطح 0.1 تا2.4 تن در هکتار قابل قبول بود و استفاده از کرمهای خاکی برتری قطعی را نشان داد. هرچند که کاهش شديد در توليد در سه سال بعد وجود داشت و اين کاهش فقط با استفاده از کودهای شيميايی کنترل شد. مصرف کودهای شيمايی توام با بقايای آلی محصولات بعلاوه کرمهای خاکی می تواند به عملکرد بالاتری منجر شود. اين مثالی است برای نشان دادن استفاده همزمان مخلوطی از منابع آلی و غيرآلی نيتروژن که باعث بازده بيشتر مصرف آن نسبت به کاربرد هر يک از آن منابع به تنهايی می شود.